Après un peu plus de trois ans de paix, le Digiworld rappelle les enfants qui l'ont autrefois aidés mais les anciens tels que Taichi, Yamato, Izumi, Joe et Mimi sont maintenant au derniers niveaux du collège et n'ont plus vraiment le temps d'aider les Digimons. C'est alors que trois nouveaux Digidestined apparaissent : Daisuke, Miyako et Iori. Tous les trois seront accompagnés par deux anciens Digidestined qui ont le même âge qu'eux : Takeru et Hikari. Ensemble, ils tenteront de comprendre et de résoudre les nouveaux troubles perturbant le Digiworld et notamment de percer l'identité de ce mystérieux "Digimon Kaiser" qui tente d'asservir les petits monstres digitaux.