Depuis des années, la Terre fait l'objet de multiples attaques extraterrestres contre lesquelles les armes classiques n'ont aucun effet. Quelques jeunes filles sont les seules capables d'utiliser un Symphogear, une armure spéciale issue d'anciennes reliques hérétiques. Combiné au pouvoir de leurs chants, ce pouvoir va leur permettre d'affronter ce mystérieux ennemi.